食品の衛生証明書の取り方｜輸出前の5つの手順

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ご搭乗ありがとうございます。機長です。本日の行き先は「輸出先に出す証明書の取り方」です。出発前に、書類の席を確保しておきましょう。

食品を海外へ送る準備が進むと、輸入する側から「衛生証明書を出してください」と求められることがあります。国が発行する輸出証明書は、申請の入り口にあたる登録から始める必要があり、荷物の出荷日から逆算して動かないと間に合わなくなるおそれがあります。この記事では、食品の輸出で出てくる証明書の種類と、国の発給システムで申請する流れを、2026年10月時点の農林水産省などの公表資料で確認できた範囲で、5つの手順にまとめます。輸出先や品目によって必要な書類は変わるため、最終的な判断は所管の窓口で確かめてください。

手順1：そもそも証明書が必要かを輸出先と品目で確かめる

最初にやることは、証明書を取る作業ではなく、必要かどうかの確認です。農林水産省の輸出手続のページは、「相手国の規制を確認する」「必要な証明書を確認する」「申請・発給を受ける」「不明点は相談窓口へ」という順で確認する構成になっています。つまり、書類の準備は相手国の規制を確かめてからです。

相手国の規制は、同じ食品でも国によって異なります。農林水産省のページには、各国の食品・添加物等の規格基準、残留農薬基準値、容器・包装に関する規制などの情報へのリンクが並んでいます。地域別と品目別の手続ページもあるため、輸出したい国と品目のページで、要求されている証明書の名前を控えます。

あわせて、取引相手の輸入者にも確認します。大阪府の案内でも、商品が輸出可能か、衛生条件や規則は何かを、輸入業者などを通じて輸出先国の政府や税関に確認するよう書かれています。

手順2：証明書の種類と発行元を整理する

農林水産省のページでは、国が発行する輸出証明書として、衛生証明書、自由販売証明書、漁獲証明書などが挙げられています。名前が似ていても役割が違うため、次の表のように分けて考えると整理しやすくなります。

証明書	確認できた位置づけ	申請の入り口
衛生証明書	輸出先国の食品安全の条件に合うことを示す書類として、輸出促進法に基づく手続で発行されます	一元的な輸出証明書発給システム。品目によっては保健所などの窓口
自由販売証明書	輸出食品について、地方農政局などが発行事務を担当します	発給システム。事前に製造所の登録が必要
漁獲証明書など	水産物で求められる書類です	発給システムのほか、水産庁への相談が必要な品目もあります
原産地証明書	商工会議所が発行します	オンライン発給は外部のサイト

大阪府の案内によると、衛生証明書は府の保健所が発行する場合もあります。ページに載っている例は、シンガポール向けのふぐ、台湾向けの乳・乳製品・殻付き家きん卵・卵製品、香港向けのアイスクリーム類や乳などです。ここに載っていない証明書は、食の安全推進課への問い合わせが必要と書かれています。申請窓口は輸出先国・地域と品目で異なるため、自分の品目がどの窓口に当たるかを早めに確かめます。

なお、原産地証明書は国の発給システムではなく商工会議所で取る書類です。この点は、経済連携協定の関税の話とあわせて、姉妹媒体の記事でも整理されています。

この点は令和の総合商社のコラム『海外の取引先に「原産地証明書を出して」と言われたら。EPAで相手の関税が下がるのは、協定ごとの証明を出せたときだけ』でも詳しく触れています。

手順3：GビズIDを取り、発給システムに登録して審査を待つ

国の発給システムを使うには、先にGビズIDプライムアカウントの取得が必要です。農林水産省の発給システムのページでは、利用の流れの最初にこのアカウントの取得が挙げられていて、デジタル庁のGビズIDのホームページから申請します。自由販売証明書の案内でも、システムを使うにはGビズIDプライムアカウントの取得が必要で、対象は法人または個人事業主に限ると書かれています。

輸出の商談が動き出した段階で、先に取っておくのが現実的です。

GビズIDを取得できない個人などは、管轄の地方農政局（酒類の場合は国税局）に利用申請を行う方法があります。この場合は、システム利用誓約書兼申請書と、法人または個人の確認書類を出し、登録の有効期限は3年とされています。

アカウントを取ったら、一元的な輸出証明書発給システムにログインし、初回は事業者情報を入力して利用申請をします。ページに書かれている流れは、事業者情報の登録、ユーザー情報の登録、そして事業者情報の審査です。審査が終わるまで、システムは利用できません。申請先は、酒類にチェックがあれば事業者所在地を管轄する国税局、なければ地方農政局です。急ぐ場合は申請先へ電話で連絡するよう案内されています。

複数の担当者で使う場合は、事業者管理画面からユーザーを追加できます。代理人に委任する場合は、委任状が必要です。

手順4：証明書の種類ごとに要件を確かめて申請する

利用できる状態になったら、証明書の申請に進みます。システムで申請できる証明書は、衛生証明書、自由販売証明書、漁獲証明書、施設認定関係など幅広く、輸出先国と品目ごとの要綱・様式で条件が決まっています。大阪府の案内も、必要書類は農林水産省の「要綱・様式」で輸出先国・品目ごとに確認するよう書いています。

自由販売証明書を例にすると、申請の前に、輸出する食品を製造・加工する製造所の登録が必要です。登録はシステムか、住所を管轄する地方農政局などへの書類提出で行います。登録した製造所の英語の名称と英語の住所は、証明書の「製造者」と「住所」の欄に記載されるため、綴りは登録の時点で確かめておきます。証明書の申請には、所定の別紙様式の記入も必要です。

保健所が窓口になる品目では、申請前の事前相談を求められます。大阪府の案内は、余裕をもって申請できるよう早めの相談を求め、証明書の発行には日数を要することがあるとしています。日数は窓口に確認しましょう。

手順5：手数料を納めて、受け取りまで確かめる

国が発行する輸出証明書には、手数料がかかります。農林水産省のページによると、令和7年4月1日以降、申請1件あたり870円です。福島第一原子力発電所事故に伴う輸入規制への対応で必要となる日付証明書、産地証明書、放射性物質検査証明書、輸出事業者証明書は、手数料が不要とされています。別の法律に基づく証明書は、担当課への確認が必要です。大阪府の案内でも、保健所が発行する証明書は1通870円で前納と書かれています。

納付の方法は、申請の仕方で変わります。発給システムで申請する場合は、ペイジー対応のATMまたはインターネットバンキングで電子納付できます。メールや郵送など、システム以外で申請する場合は、収入印紙による納付のみで、申請書に貼って消印はしません。国からの領収書は出ないことと、取り下げなどで証明書が出なかった場合も、納めた手数料は返金されないことが、ページに書かれています。

受け取りの場所は、審査拠点のほか、県域拠点や農林水産省の輸出・国際局などでも受け取れると、自由販売証明書のページに書かれています。年末に向けて出荷が重なる時期は、受け取りや発行の日数を含めて予定を組みます。

まとめ：証明書は「登録から逆算」して動く

食品の衛生証明書は、次の順で準備すると迷いにくくなります。

1. 輸出先と品目で、証明書が必要かを確かめる
2. 衛生証明書、自由販売証明書、漁獲証明書、原産地証明書の違いを整理する
3. GビズIDを取り、発給システムに登録して審査を待つ
4. 要綱・様式で条件を確かめ、証明書を申請する
5. 手数料を納め、受け取りと日数を確かめる

つまずきやすいのは、登録の審査と、品目ごとの窓口の違いです。申請の日数は窓口によって違うため、出荷日から逆算して、年末の繁忙期より前に登録まで済ませておくのが安全です。どの証明書が必要か分からないときは、農林水産省の輸出相談窓口が、相談内容に応じて該当の機関を案内しています。

輸出に必要な証明書や条件は、輸出先の国・地域、品目、施設の状況によって変わり、制度も見直されます。申請の前に、農林水産省の輸出相談窓口、管轄の地方農政局、都道府県や保健所の衛生部局、商工会議所などの所管の窓口に最新の内容をご確認ください。最終的な判断は専門家や所管の窓口にご確認ください。