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年末調整の書類が配られる季節だホー。住宅ローン控除は、2年目からは勤め先の年末調整で調べてもらえるホー。必要な書類の流れを、順にたどっていくホー。
この記事では、住宅ローン控除（正式名称は住宅借入金等特別控除）を初めて受けた翌年以降に、年末調整で控除を受けるまでの流れを質問と答えの形で整理します。分かることは、初年分と2年目以降の違い、勤め先に出す書類、金融機関の証明書が届く時期、控除を受けられなくなる主な場合、書類が間に合わないときの確かめ先です。内容は2026年10月26日時点で確認した国税庁の公表資料に基づきます。控除額や借入限度額は、住み始めた年や住宅の区分で変わるため、この記事では扱いません。
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質問1 住宅ローン控除は、年末調整で受けられますか？
答え: 受けられます。ただし、控除を受ける最初の年分だけは、会社員でも確定申告が必要です。国税庁のタックスアンサー（令和8年4月1日現在法令等）では、最初の年分は確定申告書を提出し、2年目以後の年分は、給与所得者であれば年末調整で適用を受けられると案内されています。
最初の年分の確定申告では、住宅の登記事項証明書、工事請負契約書または売買契約書の写し、金融機関の年末残高等証明書などを添付します。給与所得者の源泉徴収票は、平成31年（2019年）4月1日以後は添付や提示が不要ですが、申告書を作るときには手元に必要です。
2年目以降も、要件を満たし続ける必要があります。新築等の住宅について書かれたタックスアンサーでは、主な要件として次の点が挙げられています。
- 新築等の日から6か月以内に居住していること
- 控除を受ける年の12月31日まで引き続き居住していること
- 10年以上にわたって分割して返済する借入金等があること
- 住宅を2つ以上持つ場合は、主として居住する住宅であること
探偵さん、2年目からは、確定申告に行かなくていいんですか？
会社員なら、年末調整で済ませられるホー。ただし最初の年分は確定申告が必要だホー。
自営業の人も同じですか？
給与所得者以外は、2年目以降も確定申告だホー。この記事は会社員向けの話だホー。
質問2 住宅ローン控除の2年目以降、勤め先に出す書類は何ですか？
答え: 基本は2種類です。税務署から送られる、その年分の「住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」（以下、証明書兼申告書）に必要事項を書いたものと、金融機関が発行する「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を、年末調整の際に勤め先へ出します。
国税庁の「年末調整で住宅借入金等特別控除を受ける方へ」は、令和7年中に住み始めた人を例に、この2種類を勤め先に出すと説明しています。記載例は令和8年分の年末調整を想定したもので、令和9年分以後の証明書兼申告書も一緒に届くため、保存しておくよう書かれています。
提出までの流れを、順番に並べます。
- 税務署から届いた、その年分の証明書兼申告書を用意する
- 金融機関から年末残高等証明書が届くのを待つ
- 国税庁の記載例を見ながら、証明書兼申告書に必要事項を書く
- 借入先が複数あるときは、すべての年末残高等証明書をそろえる
- 証明書兼申告書と年末残高等証明書を、勤め先の年末調整の担当に出す
国税庁は、記載例を複数のパターンで公開しています。新築住宅と土地に別々の借入をした場合、中古住宅で連帯債務がある場合、調書方式に対応する金融機関から借りた場合などです。自分の借入に近い例を選ぶと迷いにくくなります。令和元年以降に住み始めたかどうかで、証明書兼申告書の様式が異なる点も、年末調整のしかたの案内に書かれています。
金融機関が「調書方式」に対応している場合は、手続きが少し変わります。調書方式とは、金融機関が年末残高等調書を税務署に出す方式で、この方式では年末残高等証明書が不要とされています。また、電子交付を受けた人は、電子データをダウンロードして勤め先に出す流れもあります。勤め先が書面しか受け取れない場合は、「QRコード付証明書等作成システム」で書面に出力して出すと案内されています。
質問3 年末残高等証明書はいつ届き、借入先が複数のときはどうしますか？
答え: 証明書方式の場合、年末残高等証明書は金融機関から毎年11月下旬ごろに送られてくると、国税庁の資料に書かれています。借入先が複数あるときは、すべての年末残高等証明書を出す必要があります。
証明書が届いてから書き始めると慌てやすいため、証明書兼申告書の住所や氏名など、先に書ける部分は確かめておくと安心です。提出の期限そのものは、国税庁の資料には書かれていません。年末調整の際に、勤め先の指示に従って出してください。
繰上返済をした年には、注意点があります。国税庁の資料には、繰上返済などで年末の残高が証明書の金額と異なる場合は、実際の残高で計算すると書かれています。証明書の金額と実際の残高が合っているか、見比べておきましょう。タックスアンサーにも、10年以上にわたって分割して返済する借入金等があることが要件として書かれています。繰上返済で返済の期間が短くなる場合は、この要件との関係も確かめたいところです。
この点は、姉妹サイトの「冬のボーナスの使い道、備え・返済・NISAを比べる」でも、次のように説明しています。
注意したいのは、返済期間を短くする方法で、残りの期間が10年未満（特定増改築等は5年未満）になる場合です。同ページによると、所得税の住宅借入金等特別控除の対象外になり、融資額残高証明書も送られません。
繰上返済を考えているときは、実行の前に借入先の金融機関で確かめておきましょう。
探偵さん、銀行が2か所あって、証明書も2通届いたらどうなりますか？
全部まとめて出すホー。1通だけでは足りないホー。
繰上返済をした年は、どの数字を使うんですか？
年末の実際の残高で計算するホー。証明書の数字が合っているか、見比べるホー。
質問4 住宅ローン控除が受けられなくなる年分はありますか？
答え: あります。国税庁の資料では、次のいずれかに当てはまる年分は、住宅ローン控除を受けられないとされています。これは令和7年中に住み始めた人向けの案内で、住み始めた年や住宅の区分によって数字などが違う場合があります。
- 合計所得金額の見積額が2,000万円を超える年分（床面積が40平方メートル以上50平方メートル未満で、証明書に「特例居住用家屋」または「特例認定住宅等」とある場合は、1,000万円を超える年分）
- 対象の家屋に住まなくなった年以後の残りの年分（災害の場合を除く）
- 認定住宅等の特例を選び、長期優良住宅や低炭素建築物の認定が取り消された場合
- 住み始めた年の翌年以後3年以内に、対象の家屋以外の資産を譲渡して、居住用財産の譲渡に関する一定の特例を受ける場合
給与のほかに副業や不動産などの所得がある人は、合計所得金額の見積額が基準を超えないか、年の終わりが近づいたら確かめておきましょう。
国税庁の資料には、すでに軽減された税額があるときは、修正申告書を出してその税額を納める必要がある、とも書かれています。
転勤などで住まいを離れる場合にも、注意が必要です。給与の支払者からの転任命令に伴う転居などのやむを得ない事由で住まいを離れたあと、同じ家屋に再び住んだときに控除を再び受けるには、住まいを離れる日までに一定の手続が必要だと案内されています。転勤が決まったら、早めに税務署へ確認してください。
探偵さん、年の途中で引っ越したら、その年の控除はどうなりますか？
住まなくなった年以後の分は、受けられないとされているホー。災害の場合などの例外があるホー。
転勤で一時的に離れるだけでも同じですか？
離れる日までの手続きで、戻ったあとに再び受けられる場合があるホー。事前に税務署へ聞くのが先だホー。
質問5 書類が届かない、間に合わないときは、どこに確認しますか？
答え: 年末残高等証明書は借入先の金融機関、証明書兼申告書や控除の扱いは税務署、提出の締め切りは勤め先の担当部署に確認します。国税庁の資料には、書類が届かない場合の再発行の手続は書かれておらず、借入先の金融機関や最寄りの税務署に確認するよう案内されています。
国税庁の資料によると、証明書の内容が事実と異なる場合は、控除を受けられなくなることがあります。証明事項に変更があれば、最寄りの税務署に相談するよう書かれています。
年末調整の期限に間に合わなかったときの扱いは、国税庁の資料で確認できませんでした。勤め先と税務署で確かめてください。
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まとめ
住宅ローン控除を2年目以降に年末調整で受けるときの要点を整理します。
- 最初の年分は確定申告が必要で、2年目以後は給与所得者なら年末調整で受けられます
- 勤め先には、その年分の証明書兼申告書と、金融機関の年末残高等証明書を出します
- 年末残高等証明書は毎年11月下旬ごろに届きます。借入先が複数なら、すべてそろえます
- 所得の多い年分や、住まなくなった年分などは、控除を受けられません
- 書類のことは金融機関、控除の扱いは税務署、締め切りは勤め先に確認します
年末にあわてないよう、今のうちに手元の書類を確認しておきましょう。
この記事は一般的な制度の説明であり、個別の事情に応じた税務上の助言ではありません。控除を受けられるかどうか、書類の書き方、繰上返済や転勤の影響などは、勤め先の年末調整の担当、税理士、お住まいの地域を管轄する税務署の窓口にご確認ください。最終的な判断は専門家や所管の窓口にご確認ください。
参考にした公的資料
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